โรงเรียนบ้านสบเป็ด ตั้งอยู่ที่บ้านสบเป็ด หมู่ 6 ตำบลผาตอ อำเภอท่าวังผา จังหวัดน่าน เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2522 มีนักเรียนเข้าเรียน 54 คน ประชาชนบ้านสบเป็ดอพยพ
มาจากบ้านขุนน้ำพริก ตำบลนาไร่หลวง อำเภอเชียงกลาง (ปัจจุบันอยู่ในเขตอำเภอสองแคว) จังหวัดน่าน ตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2515 โดยกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในจังหวัดน่าน
(กอ.รมน.จว.นน.) จำนวน 60 ครัวเรือน 96 ครอบครัว
ตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2523 เป็นต้นมา โรงเรียนบ้านสบเป็ดได้จัดการศึกษาตามแนวนโยบาย
แห่งรัฐตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษา ถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 และต่อมาสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติได้ขยายโอกาสทางการศึกษาแก่เด็กด้อยโอกาสที่จบชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
ได้ศึกษาต่อในระดับสูงขึ้น โดยอนุมัติให้โรงเรียนบ้านสบเป็ด เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น
ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา 50 ปี กาญจนาภิเษก ในปีพุทธศักราช 2539 สังกัดสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอท่าวังผา สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดหวัดน่าน สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ
ต่อมาพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช 2542 มีการปฏิรูปการศึกษาและยุบรวมโครงสร้างของหน่วยงานทางการศึกษา ในปีพุทธศักราช 2547 โรงเรียนบ้านสบเป็ด จึงสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาน่าน เขต 2 สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ต่อมาในปีพุทธศักราช 2553 มีการแบ่งการจัดการศึกษาในระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษา
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านสบเป็ด สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาน่าน เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน จัดการศึกษาในระดับอนุบาล 1 ถึงระดับมัธยมศึกษาปีที่ 3
